De 28-jarige renner van Team Type 1 schreef de derde etappe op zijn naam, een rit over ruim 189 kilometer van Jumilhac-le-Grand naar Trélissac.
Kocjan won het in de sprint van de Franse renners Armindo Fonseca (tweede) en Julien Simon (derde).
De Sloveen, die ook al de eerste etappe had gewonnen, heroverde tevens de leiding in het algemeen klassement. Kocjan verdrong Evaldas Siskevicius uit Litouwen van de eerste plaats.
De Ronde van de Limousin eindigt vrijdag met een rit naar Limoges.
© ANP