Fiets.nl

Heb mijn reactie nog wat aangepast. Ik heb zelf nog nooit op corona getest. Maar wel ervaring met het bepalen van expressie van plant genen met qRT-PCR.

In principe hebben ik een gestandaardiseerd testprotocol met 40 cycli. ( eigenlijk gebruikt iedereen dit in ons lab ). We passen onze primers voor de te testen genen vaak gewoon aan totdat we er eentje hebben die binnen het protocol goed werkt. Dat komt omdat wij in 1 sample vaak veel verschillende genen willen testen. Voor een corona-test kan je natuurlijk ook het protocol aanpassen aan het te testen gen.

Natuurlijk werkt niet elke primer even goed. Daarom maak je de eerste keer een verdunningsreeks waarbij je het gedrag van de amplificatie efficiëntie kan bepalen. ( temperatuur/amplificatie tijd etc is altijd hetzelfde ). En dit kan natuurlijk ook afhangen van de reagentia die je gebruikt. Die reagentia verschillen per lab.

Voor de expressie/hoeveelheid RNA gebruik je de Cq-waarde. Dat is de cyclus waarde waarbij je fluorescentie de drempelwaarde overstijgt. Het is meestal zo dat je signaal krijgt tussen de 16 en de 25 cycli ( in mijn geval ) afhankelijk van de expressie. En eigenlijk beschouw ik waarden als 32 als niet noemenswaardig. (AKAHet gen staat in dit sample niet of nauwelijks aan). Het komt ook regelmatig voor dat je No template Control (Waarin je alleen schoon water hebt toegevoegd in plaats van een sample) rond die 32-36 waarde ook een signaal vertoont. Dit komt door aerosolen die door het pipetteren van een sample zijn ontstaan. ( alles handmatig we zijn als uni lab te arm voor robots ). Werk je niet schoon dan kunnen die aerosolen een probleem worden, want je kan niet uitsluiten dat de reagentia niet meer schoon waren of dat samples elkaar besmet hebben. Gezien de variatie die handmatig pipetteren met zich meebrengt laden we elk sample ook 3x of 4x per primer. Afgezien van natuurlijk meerdere biologische samples. Dat komt omdat ik redelijk precies wil weten hoe veel signaal we krijgen in dat sample. Voor corona is dit ook niet zo relevant. Maar bij ons zorgen die technische replicates ook voor wat extra zekerheid.

Nou komt dat bij mijn werk in plantkunde allemaal wel eens voor. Bijvoorbeeld signaal in controles. Of andersom in 2 vd 4 replicates geen signaal. Het is ook niet zo erg als ik de test een keer moet herhalen. All in the game.

Maar ga je echt samples van mensen testen dan moet je echt wel zorgen dat je heel erg schoon werkt. En ik kan je toch wel enigszins garanderen dat wanneer je 50 cycli draait en je iemand hebt die handmatig samples opwerkt en op plaat laadt. Dat dat zo ongeveer een garantie is op signaal in minstens een aantal. Het hangt er natuurlijk ook vanaf hoe je dat interpreteert.

Ik schat in dat 35 cycli voldoende zal zijn in bijna alle gevallen. En 35 is echt al veel te zwak om relevant te zijn. Maar het is wel fijn om te weten dat je controles dan nog schoon zijn. Drempelwaarde is bij mij 32 als niet betekenisvol. En ik schat ook in dat vals Negatief vooral te maken heeft met de afname van de swab. Niet zozeer met de sensitiviteit van PCR an sich, tenzij er menselijke pipetteerfouten worden gemaakt.

thestudent schreef: ↑20 sep 2020 22:23 Ik zou willen dat ik qRT-PCRs met robotica kon doen. Met de hand platen laden vind ik geen feestje.

Is dat het verhaal van geen funding of is hier iets te fabriceren?

Funding. Je kan niet en een fluorescentie microscoop en de robot kopen he. de qPCR machine is overigens prima nog hoor. Zo lang er voldoende handen zijn kan je met zelf pipetteren ook nog eens redelijk flexibel werken. Theoretisch kan je met deze ene machine op ons lab ook gewoon makkelijk +-1200 corona samples per werkdag testen. Moet je alleen beetje vlot pipetteren en altijd klaarstaan met de volgende plaat .

Mocht er ooit net zo veel geld naar de Nederlandse Plant Science gaan als nu spontaan aan corona onderzoek wordt uitgegeven dan komt dat helemaal goed met die robot. De staat van sommige spullen is best erbarmelijk vind ik zelf.

Ik ben bang dat het toch in veel labs gewoon handwerk is net als bij ons. Maar we zijn wel vindingrijker op deze manier, want vaak kan het werk met simpele middelen ook gewoon gedaan worden. En 90% van de tijd voor een tiende van de prijs...

Ik durf hier ook wel te beweren dat geld uitgeven aan plant onderzoek ipv corona beter besteed zou zijn. Plant virussen en andere ziekten doden indirect meer mensen dan Corona. Als je niks te eten hebt door mislukte oogsten zal corona je een zorg zijn. Het is bewonderenswaardig hoe veel geld er ineens over de balk gesmeten kan worden door de politiek wereldwijd. Terwijl al jaren het grootste deel van gewoon goede onderzoeksvoorstellen wordt afgewezen in Nederland.

Dochter van 14 proest 4 keer in de klas en word naar huis gestuurd.. weer een lesdag weg gegooid. Knettergek zijn ze. Ze geeft overduidelijk aan dat ze hooikoorts klachten heeft en heel gevoelig is voor stof in de lucht ed. Nu zit ze gewoon gezond thuis op de bank. Morgen maar weer naar school toe.

Tja, als je 'ziek' bent blijf je thuis, toch . . . . ?.

Hooikoorts is niet ziek hè?

Ze is niet ziek dat is nu juist het punt. Als je 4 keer niest en dit komt door luchtweg irritatie dan ben je niet ziek

Wie neem je het nu kwalijk?
Als je het de school kwalijk neemt dan zou ik even contact met hen opnemen.

RVV schreef: ↑23 sep 2020 15:06 Ze is niet ziek dat is nu juist het punt. Als je 4 keer niest en dit komt door luchtweg irritatie dan ben je niet ziek

Belachelijke actie inderdaad. Lijkt erop alsof het ook per school verschilt hoe er mee om wordt gegaan.

Jans schreef: ↑23 sep 2020 15:15 Wie neem je het nu kwalijk?
Als je het de school kwalijk neemt dan zou ik even contact met hen opnemen.

Of ik het iemand kwalijk neem is niet relevant. Het feit is dat mijn dochter die met dyslexie en een half gemist eerste schooljaar het sowieso al niet makkelijk heeft. Om een paar proesten waarvan ze heel duidelijk aangeeft wat de reden daarvan is (en ook bekend op school) word haar weer een zoveelste kostbare schooldag door de neus geboord.

Mijn dochter is bang om te blijven zitten dit schooljaar als dit zo doorgaat. Dan kan toch niet de bedoeling zijn?

Hier op het moment ook Se hooikoortsklachten weer terug in huis.
Wellicht denkt de schoolleiding dat hooikoorts iets is voor het voorjaar? Neem eens contact met ze op en leg uit dat op dit moment de Ambrosia en de Bijvoet zorgen voor hooikoorts bij veel mensen, juist in dit warme najaar!!
Ambrosia is echt een rotzak, die geeft heftige klachten Incl keelpijn en droog hoesten als gevolg daarvan. Klachten dus die je makkelijk met corona kunt verwarren. Zeker als je wat extra gevoelig bent.

Ik toch even contact opnemen met de school, evt via huisarts. Het proberen waard toch?

Volgens mij moet je je gewoon laten testen en thuis blijven wachten tot op de uitslag.